2051年，自革新者事件已过了一年。即使经历苦恼、悲伤亦持续战斗将事件解决。因而大幅度成长的山野阪，以作为阿堤密斯冠军的身份参与LBX对战。但某日，全世界的LBX突然失控并开始攻击人们，神秘的恐怖活动组织“探測者”对全世界发出宣战公布。阪痛失爱机奥丁，好朋友亚美跟和也被发现者诱拐。同时与他的新同伴大空弘、花咲兰命中注定的相遇，再次为拯救世界而投身战斗。２０５０年、ホビー用小型ロボット『ＬＢＸ』は爆発的なブームとなっていた。ＬＢＸの戦場、それはあらゆる衝撃を吸収してしまう未来の箱、『強化ダンボール』の中だった。そんなダンボールの中で戦う彼らの事を、人は『ダンボール戦機』と呼んだ。ＬＢＸを悪用し、世界を危機に陥れようとしたイノベーターの陰謀から１年。世界は平和を取り戻し、ＬＢＸは再び最高のホビーとして愛され、世界中へと広まっていた。そんなとき、ＬＢＸを通じて、二人の少年が出会う。これはＬＢＸを愛する二人の少年が、世界を脅かす脅威へと立ち向かう物語である。
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